Jens Mattsson har tidigare bland annat varit verksam som avdelningschef vid Karolinska Institutet . Han var åren 2014–2016 ledamot av Statens jordbruksverks insynsråd. Jens Mattsson invaldes 2018 som ledamot vid Kungliga Skogs- och Lantbruksakademien och han är också medlem i akademiens utskott för forskningsfrågor. Han är därutöver ledamot i flera stiftelser, nämnder och råd.

Jens Mattsson utexaminerades från Uppsala universitet 1989 och disputerade 1993 vid Sveriges Lantbruksuniversitet på en doktorsavhandling i mikrobiologi. Han är docent i molekylär parasitologi vid Sveriges Lantbruksuniversitet.