Jens Mattsson kommer närmast från Statens veterinärmedicinska anstalt där han varit generaldirektör och myndighetschef sedan 2012.

Han har tidigare varit verksam som avdelningschef vid Karolinska Institutet. Åren 2014–2016 var han verksam som ledamot av Statens jordbruksverks insynsråd. Jens Mattsson invaldes 2018 som ledamot vid Kungliga Skogs- och Lantbruksakademien och är också medlem i akademiens utskott för forskningsfrågor. Han är därutöver ledamot i flera stiftelser, nämnder och råd.

Jens Mattsson utexaminerades från Uppsala universitet 1989 och disputerade 1993 vid Sveriges Lantbruksuniversitet på en doktorsavhandling i mikrobiologi. Han är docent i molekylär parasitologi vid Sveriges Lantbruksuniversitet.