Johan Danelius arbetar sedan 2012 i Justitiedepartementet, inledningsvis som departementsråd och enhetschef, därefter som tf. rättschef och från 2016 som expeditionschef. Dessförinnan arbetade han i tre år vid Hamilton advokatbyrå, inledningsvis som counsel och från 2011 som advokat och delägare. Under åren 2000–2009 arbetade han i Justitiedepartementet där han var rättssakkunnig, kansliråd och ämnesråd samt biträdande enhetschef. Han anställdes som hovrättsassessor 2000.

Johan Danelius tillträder som justitieråd den 20 januari 2020.