Bland informationen finns kundernas mejladresser, telefonnummer, födelsedatum och Qantas-medlemsnummer. Däremot ska kundernas lösenord, PIN-koder eller inloggningsuppgifter inte ha stulits.
Dataintrånget uppges vara det största i Australien på flera år.
“Vi fortsätter att undersöka hur stor andel av uppgifterna som har stulits, men vi förväntar oss att det rör sig om en betydande mängd", skriver Qantas.
Flygbolagets verksamhet eller säkerhet ska inte ha påverkats av intrånget. Det är oklart vem som misstänks ligga bakom.