Hackarna lyckades plantera skadlig kod i företagets system redan innan attacken, visar en utredning. På kort tid infekterades 49 datorer.
Nu ska systemen vara rensade från skadlig kod och företaget menar att det skärpt säkerheten ytterligare.
För två år sedan kom hackare över uppgifter om 76 000 Fujitsu-kunder. Hur många som drabbats den här gången är oklart.